พิพิธภัณฑ์ธรรมชาติจัดการน้ำชุมชน ตามแนวพระราชดำริ พ.ศ.2560 จัดตั้งขึ้นโดยพระราชดำริในพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ให้สถาบันเทคโนโลยีแมสซาชูเซตส์(MIT) ร่วมกับสำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ (สำนักงาน กปร.) และสำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย (สกว.) ร่วมกันวางแผนพัฒนาแหล่งน้ำ เริ่มจากการพัฒนากลไกการรวบรวมข้อมูลและประสานงานระหว่างหน่วยงานต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง โดยให้หน่วยปฏิบัติการวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีคอมพิวเตอร์สมรรถนะสูง ศูนย์เทคโนโลยีอิเล็กทรอนิกส์และคอมพิวเตอร์แห่งชาติสำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ (สวทช.) จัดตั้งโครงการระบบเครือข่ายเพื่อการจัดการทรัพยากรน้ำแห่งประเทศไทยขึ้นในปี พ.ศ. 2541 เพื่อดำเนินการเก็บรวบรวมข้อมูลทรัพยากรน้ำลุ่มน้ำเจ้าพระยาทั้งหมด จากหน่วยงานต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง แล้วสำเนากระจายข้อมูลนี้กลับไปให้หน่วยงานต่างๆ อีกครั้ง ให้ได้ใช้ข้อมูลร่วมกัน เกิดเป็นกลไกในการประสานงาน ประกอบการตัดสินใจ และดำเนินการได้